该白皮书由沙利文（Frost & Sullivan）发布，系统梳理肠道菌群行业的基础理论、发展历程、技术应用、产品管线及未来趋势，涵盖科研、临床、产业多维度内容，为行业提供全面参考。
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肠道菌群被视为 “超级生物体”（Superorganism），与宿主形成 “共生体”（Holobiont），其基因组（Hologenome）参与宿主代谢、免疫等关键生理过程。健康肠道菌群以厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidota）为主，还包含古菌（如广古菌门 Euryarchaeota）、真菌（如子囊菌门 Ascomycota）等，不同肠道区域菌群浓度与 pH 值差异显著，如结肠菌群浓度达 10¹⁰-10¹²CFU/ml，pH 值 5.5-6.8。
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行业发展始于 19 世纪，1881 年科赫（Robert Koch）奠定微生物研究基础，1917 年阿尔弗雷德・尼斯勒（Alfred Nissle）发现 Nissle 1917 菌株；20 世纪后技术突破加速，1958 年粪便微生物移植（FMT）首次用于临床，2005 年杰弗里・戈登（Jeffrey Gordon）揭示菌群与肥胖关联；近年关键进展包括 2022 年首款粪便微生物活体生物治疗产品（LBP）REBYOTA® 获批，2023 年 VOWST 上市，标志肠道菌群治疗从科研走向临床。
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- 代谢调节：菌群代谢产物短链脂肪酸（SCFAs）、胆汁酸（BA）等参与能量代谢，失衡可能引发 2 型糖尿病（T2D）、非酒精性脂肪肝（NAFLD），如三甲胺（TMA）代谢产物 TMAO 与心血管风险相关。
- 免疫互动：菌群通过模式识别受体（PRRs）识别病原体相关分子模式（PAMPs），调节 Treg/Teff 细胞平衡，影响 IgA 分泌，失衡与炎症性肠病（IBD）、自身免疫肾病等相关。
- 肠 – 脑轴（GBA）：菌群通过自主神经系统（ANS）、下丘脑 – 垂体 – 肾上腺轴（HPA）影响中枢神经系统，与阿尔茨海默病（AD）、焦虑抑郁等神经疾病关联，“精神益生菌（Psychobiotics）” 成为研究热点。
- 肠道疾病：复发性艰难梭菌感染（rCDI）、肠易激综合征（IBS）、小肠细菌过度生长（SIBO）与菌群紊乱直接相关，如 PI-IBS（感染后肠易激综合征）患者韦荣球菌（Veillonella）丰度异常。
- 全身性疾病：菌群代谢产物吲哚硫酸盐（indoxyl sulfate）可能加重肾病， LPS（脂多糖）引发的慢性炎症与癌症、代谢综合征相关。
- 测序技术：从 16S rRNA 基因测序（分辨率有限）发展到全长 16S rRNA 测序（PacBio/Nanopore 技术）及宏基因组测序，结合单细胞技术、MALDI-TOF-MS，实现菌群物种与功能的高精度解析。
- 数据库与平台：国际人类微生物组计划（HMP）、MetaHIT 等构建菌群数据库，国内华大基因（BGI）、迪安诊断等企业搭建本地化检测平台，支持临床与科研需求。
- 活体生物治疗产品（LBP）：全球首款 LBP REBYOTA®（2022 年获批）用于 rCDI，通过粪便菌群移植原理恢复肠道菌群平衡，临床缓解率达 42.5%；VOWST（SER-109）为孢子型 LBP，rCDI 复发预防率 87.6%，2023 年上市后纳入美国医保 Part D。
- 粪便微生物移植（FMT）：对 rCDI 有效率 85%-95%，还用于胃肠道急性移植物抗宿主病（GI-aGvHD），如 MaaT Pharma 的 MaaT013 治疗 GI-aGvHD 客观缓解率 57.1%。
- 益生菌与益生元：传统益生菌以乳杆菌（Lactobacillus）、双歧杆菌（Bifidobacterium）为主，新型益生菌如 Akkermansia muciniphila（AKK 菌）获 FDA GRAS 认证，益生元通过调节菌群结构辅助健康。
- 美国：布局领先，FDA 设立 LBP 审批路径，企业如 Seres Therapeutics、Vedanta Bioscience 管线丰富，2022-2023 年多款产品获批，科研投入聚焦菌群 – 免疫 – 疾病机制。
- 中国：快速赶超，建设多地菌群库（如西安、西南、武汉菌群库），获 CNAS/ISO20387 认证；企业如万泽双奇、知易生物推进 LBP 研发，知易生物 SK08 用于肠易激综合征（IBS-D）进入临床，万泽股份 “定君生” 等产品已上市。
2011-2024 年全球肠道菌群领域融资活跃，Pre-A~A + 轮占比最高（2024 年达 49.2%），Flagship Pioneering 等机构重仓 Seres Therapeutics；并购频繁，如 2020 年凯瑞集团（Kerry Group）收购 Bio-K+，2023 年 T3 Pharmaceuticals 被收购，行业整合加速。
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- 产品精准化：基于宏基因组关联研究（mbGWAS）开发个性化 LBP，如针对 IBD、癌症的靶点菌群疗法，Genome & Company 的 GEN-001（表达 PD-L1 的乳酸菌）用于胃癌临床。
- 技术跨界融合：AI 辅助菌群数据分析，合成生物学改造菌群功能，如工程菌表达 IL-10、KGF-2 等细胞因子，增强治疗效果。
- 应用场景拓展：从肠道疾病向神经、代谢、肿瘤领域延伸，如菌群与 PD-1/L1 抑制剂联合用于癌症免疫治疗，肠 – 脑轴相关产品用于神经退行性疾病。
- 技术瓶颈：菌群定植效率控制、功能机制解析难度大，需突破高通量培养与单细胞分析技术。
- 监管规范：LBP 生产工艺（CMC）复杂，全球监管标准不统一，如 FDA 与 NMPA 在临床数据要求上存在差异。
- 商业化落地：产品成本高（如 REBYOTA® 批发价 9000 美元），医保纳入与患者可及性需政策支持。
国际企业中，Ferring Pharmaceuticals（REBYOTA®）、Seres Therapeutics（VOWST）、MaaT Pharma（MaaT013）领跑临床管线；国内企业如知易生物布局 IBS、化疗相关性腹泻（CID）领域，万泽双奇聚焦妇科与肠道微生态制剂，华大基因、迪安诊断提供检测服务，形成 “研发 – 生产 – 检测” 产业闭环。
